Основне приміщення Ніжинської СЮТ розташоване по вул. Братів Зосим, 6.

Площа приміщень - 153 кв. м. Також наявні госпспоруди - 61,9 кв. м.

Приміщення гуртків картинг та ракетомодельного, площею 500 кв. м. розтащовані на базі школи № 15.

Приміщення для гурткової роботи оснащені необхідними меблями та обладнанням.

Також гуртки Ніжинської СЮТ працюють в школах № 1, 2, 4, 5, 6, 7, 9, 10, 11, 12, 14, 15, ННВК № 16 та садочках № 1, 2, 12, 14, 21 за договорами про співпрацю.